Факторы, способствующие получению ложноотрицательных результатов при проведении диагностики COVID-19 методом обратной транскрипции-полимеразной цепной реакции в реальном времени

Обратная транскрипция – полимеразная цепная реакция в режиме реального времени (ОТ-ПЦР-РВ) в настоящее время занимает ведущее положение при лабораторной диагностике COVID-19. С помощью ОТ-ПЦР-РВ проводят диагностику на ранних стадиях развития болезни. Исследуемые клинические пробы, как правило, представляют мазки из зева и носоглотки. Цель работы – выявление и анализ факторов, способствующих получению ложноотрицательных результатов при проведении диагностики COVID-19 методом ОТ-ПЦР-РВ. В качестве таких факторов рассмотрены показатели, характеризующие набор реагентов и условия получения анализируемых клинических проб. Показано, что аналитическая чувствительность метода ОТ-ПЦР-РВ не является основным фактором при оценке возможности получения ложноотрицательных результатов. В работе рассмотрено влияние употребления горячих напитков (чай, кофе), алкоголя и курения (непосредственно перед взятием пробы) на результаты анализа мазков из зева и носоглотки методом ОТ-ПЦР РВ. Установлено, что наибольшее влияние на возможность получения ложноотрицательного результата в ОТ-ПЦР-РВ в мазках из зева оказывает прием горячих напитков перед взятием пробы (вероятность получения ложноотрицательного результата не менее 80 %). Меньший эффект оказывает употребление малых доз алкоголя (0,25–0,33 г этанола на 1 кг массы тела). Курение непосредственно перед взятием пробы не влечет за собой возможность получения ложноотрицательного результата в ОТ-ПЦР-РВ. Ни одно из рассмотренных воздействий не оказывает влияние на возможность получения ложноотрицательных результатов при анализе мазков из носоглотки. Высказаны рекомендации о необходимости одновременного исследования как мазков из зева, так и мазков из носоглотки при проводимой диагностике COVID-19 у амбулаторных пациентов.

1. South A.M., Diz D.I., Chappell M.C. COVID-19, ACE2, and the cardiovascular consequences // Heart and Circulatory Physiology. 2020. V. 318. № 5. P. 1084–1090.

2. Grant M.C., Geoghegan L., Arbyn M. et al. The prevalence of symptoms in 24.410 adults infected by the novel coronavirus (SARS-CoV-2; COVID-19): a systematic review and meta-analysis of 148 studies from 9 countries // PLOS ONE. 2020. V. 15. № 6. P. e0234765. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0234765

3. CDC COVID-19 Response Team. SARS-CoV-2 B.1.1.529 (Omicron) Variant - United States, December 1-8, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2021. V. 70. № 50. P. 1731–1734. https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7050e1

4. Scribne H. Doctor reveals new nightly omicron variant symptom // Deseret News. Archived from the original on 2 January 2022.

5. Oran D., Topol E.J. Prevalence of asymptomatic SARS-CoV-2 infection: a narrative review // Ann. Int. Med. 2020. V. 173. P. 362–367. https://doi.org/10.7326/M20-3012 PMID 32491919

6. Arevalo-Rodriguez I., Buitrago-Garcia D., Simancas-Racines D. et al. False-negative results of initial RT-PCR assays for COVID-19: A systematic review // PLoS One. 2020. V. 15(12). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0242958

7. Long C., Xu H., Shen Q. et al. Diagnosis of the Coronavirus disease (COVID-19): rRT-PCR or CT? // Eur. J. Radiol. 2020. 108961. https://doi.org/10.1016/j.ejrad.2020.108961

8. Pecoraro V., Negro A., Pirotti T., Trenti T. Estimate false-negative RT-PCR rates for SARS-CoV-2. A systematic review and meta-analysis // Eur. J. Clin. Invest. 2022. V. 52(2). https://doi.org/10.1111/eci.13706

9. Kanji J.N., Zelyas N., MacDonald C. et al. False negative rate of COVID-19 PCR testing: a discordant testing analysis // Virol. J. 2021. V. 18(1). https://doi.org/10.1186/s12985-021-01489-0

10. Alsharif W., Qurashi A. Effectiveness of COVID-19 diagnosis and management tools: A review. Radiography (Lond) // 2021. V. 27(2). P. 682–687. https://doi.org/10.1016/j.radi.2020.09.010

11. Tan W., Aboulhosn J. The cardiovascular burden of coronavirus disease 2019 (COVID-19) with a focus on congenital heart disease // Int. J. Cardiol. 2020. V. 309. P. 70–77. https://doi.org/10.1016/j.ijcard.2020.03.063

12. Bai Y., Yao L., Wei T., Tian F., Jin D.Y., Chen L. et al. Presumed asymptomatic carrier transmission of COVID-19 // JAMA. 2020. V. 323. № 14. Р. 1406–1407. https://doi.org/10.1001/jama.2020.2565

13. Mizumoto K., Kagaya K., Zarebski A., et al. Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020 // Euro Surveill. 2020. V. 25. № 10. P. 2000180. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180

14. Masters P.S. The molecular biology of coronaviruses // Adv. Virus. Res. 2006. V. 66. P. 193–292. https://doi.org/10.1016/S0065-3527(06)66005-3

15. Патент РФ № 2732608 (2020).

16. Генес В.С. Некоторые простые методы кибернетической обработки данных диагностических и физиологических исследований. М.: Наука, 1967.