Вариант омикрон вируса SARS-CoV-2: способность вызывать заболевание у лиц, имеющих иммунитет против COVID-19, сформированный в результате вакцинации или ранее перенесенного заболевания

В ходе пандемии COVID-19 отмечено возникновение и периодическая смена доминирующих вариантов вызвавшего его коронавируса (SARS-CoV-2). Доминирующей в пятую волну пандемии COVID-19 стала линия B.1.1529, по классификации ВОЗ – вариант омикрон. Цель работы – анализ свойств вирусов линии B.1.1529 (омикрон), обеспечивающих ее способность вызывать заболевание у вакцинированных или ранее переболевших COVID-19. Для пятой волны характерно параллельное распространение вариантов дельта и омикрон с доминированием последнего. Наиболее вероятно, что вариант омикрон возник в результате множественных пассажей SARS-CoV-2 через организмы больных с ослабленным иммунитетом. Если вариант дельта является наиболее вирулентным для человека из всех известных вариантов вируса SARS-CoV-2, то вариант омикрон, безусловно, наиболее заразный их них – величина базового репродуктивного числа (R₀) для него ≈ 10,0, для варианта дельта ≈ 6,0. Инфицированный вариантом омикрон человек, уже через сутки может быть способен к трансмиссии вируса SARS-CoV-2. Это вызвано сочетанием у варианта омикрон мутаций N501Y и Q498R, повышающих сродство рецептор-связывающего домена S1-субъединицы S-белка вируса к рецептору АСЕ-2 в легких человека. Мутации H655Y и N679K расположены вблизи сайта расщепления фурином, что в свою очередь способствует ускоренному расщеплению S-белка и повышает уровень заразности возбудителя. По способности преодолевать иммунитет, вызванный вакцинацией, вариант омикрон существенно превосходит вариант дельта. Подъем заболеваемости не остановило то, что количество лиц, прошедших полный курс вакцинации, на начало пятой волны в России достигло 64 %. Поэтому достигнутый уровень вакцинации нельзя считать достаточным для торможения распространения данного варианта вируса. В статье приводятся данные, показывающие, что этот показатель для предотвращения его распространения должен составлять как минимум 80 % и только при проведении вакцинации в сжатые сроки. Однако не исключено, что мутационный потенциал вируса SARS-CoV-2 еще не исчерпан, и пандемия на варианте омикрон не завершится.

1. Singanayagam A., Hakki S., Dunning J. et al. Community transmission and viral load kinetics of the SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) variant in vaccinated and unvaccinated individuals in the UK: a prospective, longitudinal, cohort study // Lancet Infect. Dis. 2022. V. 22. № 2. P. 183–195. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(21)00648-4

2. Li Q., Guan X., Wu P., et al. Early transmission dynamics in Wuhan, China, of novel coronavirusinfected pneumonia // N. Engl. J. Med. 2020. V. 382. № 13. P. 1199–1207. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001316

3. Riou J., Althaus C.L. Pattern of early human-tohuman transmission of Wuhan 2019 novel coronavirus (2019-nCoV), December 2019 to January 2020 // Euro Surveill. 2020. V. 25. № 4. P. 2000058. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.4.2000058

4. Wu J.T., Leung K., Bushman M. et al. Estimating clinical severity of COVID-19 from the transmission dynamics in Wuhan, China // Nat. Med. 2020. V. 26. № 4. P. 506–510. https://doi.org/10.1038/s41591-020-0822-7

5. Sanche S., Lin Y.T., Xu C. et al. High contagiousness and rapid spread of severe acute respiratory syndrome Coronavirus 2 // Emerg. Infect. Dis. 2020. V. 26. № 7. P. 1470–1477. https://doi.org/10.3201/eid2607.200282

6. Torjesen I. Covid-19: Omicron may be more transmissible than other variants and partly resistant to existing vaccines, scientists fear // BMJ. 2021. V. 375. P. 2943. https://doi.org/10.1136/bmj.n2943

7. Grant M.C., Geoghegan L., Arbyn M. et al. The prevalence of symptoms in 24,410 adults infected by the novel coronavirus (SARS-CoV-2; COVID-19): a systematic review and meta-analysis of 148 studies from 9 countries // PLoS One. 2020. V. 15. № 6. P. e0234765. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0234765

8. Fu L., Wang B., Yuan T. et al. Clinical characteristics of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in China: A systematic review and meta-analysis // J. Infect. 2020. V. 80. № 6. P. 656–665. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.03.041

9. Oran D.P., Topol E.J. Prevalence of asymptomatic SARS-CoV-2 Infection: a narrative review // Ann. Intern. Med. 2020. V. 173. № 5. P. 362–367. https://doi.org/10.7326/M20-3012

10. Walls A.C., Park Y.J., Tortorici M.A. et al. Structure, function, and antigenicity of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein // Cell. 2020. V. 181. № 2. P. 281–292. e6. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.058

11. Sun Y., Lin W., Dong W., Xu J. Origin and evolutionary analysis of the SARS-CoV-2 Omicron variant // J. Biosafety Biosecurity. 2022. V. 4. № 1. P. 33–37. https://doi.org/10.1016/j.jobb.2021.12.001

12. Yeh T.Y., Contreras G.P. Full vaccination suppresses SARS-CoV-2 delta variant mutation frequency // medRxiv. 2021. https://doi.org/10.1101/2021.08.08.21261768

13. Cele S., Jackson L., Khoury D.S. et al. Omicron extensively but incompletely escapes Pfizer BNT162b2 neutralization // Nature. 2022. V. 602. P. 654–656. https://doi.org/10.1038/s41586-021-04387-1

14. Супотницкий М.В. COVID-19: трудный экзамен человечества. М.: «Русская панорама», 2021. 15. Shahhosseini N., Babuadze G.G., Wong G., Kobinger G.P. Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern. Microorganisms // 2021. V. 9. № 5. P. 926. https://doi.org/10.3390/microorganisms9050926

15. Gazit S., Shlezinger R., Perez G. et al. Comparing SARS-CoV-2 natural immunity to vaccine-induced immunity: reinfections versus breakthrough infections // medRxiv. 2021. https://doi.org/10.1101/2021.08.24.21262415

16. Хаитов Р.М. Иммунология: структура и функции иммунной системы: учебное пособие. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2013.

17. Онищенко Г.Г., Сизикова Т.Е., Лебедев В.Н., Борисевич С.В. Анализ перспективных направлений создания вакцин против COVID-19 // БИОпрепараты. Профилактика, диагностика, лечение. 2020. Т. 20. № 4. С. 216–227. https://doi.org/10.30895/2221-996X-2020-20-4-216-227

18. Iyer A.S., Jones F.K., Nodoushani A. et al. Persistence and decay of human antibody responses to the receptor binding domain of SARS-CoV-2 spike protein in COVID-19 patients // Sci. Immunol. 2020. V. 5. № 52. P. eabe0367. https://doi.org/10.1126/sciimmunol.abe0367

19. Wei C., Shan K.J., Wang W. et al. Evidence for a mouse origin of the SARS-CoV-2 Omicron variant // J. Genet. Genomics. 2021. V. 48. № 12. P. 1111–1121. https://doi.org/10.1016/j.jgg.2021.12.003